مهمترین مسئله در پیوند اعضاء ، ازجمله پیوند مغز استخوان  و کلیه ، سازگاری ژنهای بسیار پلی مورف (چند شکل) HLA کلاسI ( HLA-A، HLA-B ،  (HLA-C و HLA کلاس II ( HLA-DR ، HLA-DQ و ........ ) بین دهنده وگیرنده می باشد. هرچه میزان سازگاری بین ژن های گیرنده و دهنده پیوند بالاتر باشد امکان موفقیت پیوند بیشترمی گردد. پیشرفته ترین روش تعیین نوع HLA با قدرت تفکیک بالا از طریق تعیین توالی DNA    می باشد ، که در حال حاضر آزمایشگاه ژنتیک پزشکی تهران تنها مرکزی است که این آزمایش را انجام می دهد.

 در ضمن تعیین نوع  HLAبا قدرت تفکیک پایین (low resolution) و متوسط (intermediate) نیز در این مرکز انجام می شود. بعلاوه الل های مستعد کننده HLA به بیماری های اتوایمون نظیر HLA-B27 در انکیلوزینگ اسپوندیلایت و یا HLA-DR4 در بیماری سیلیاک نیز در این آزمایشگاه مورد بررسی قرار می گیرد.

سیتوژنتیک